ドキュメントのソースとターゲットを定義した後は、「処理」フェーズ の設定に進みます。この段階では、DocuWareがドキュメントから情報を自動的に抽出し、適切な場所に保存し、必要なワークフローを適用できるようにアクションを構成します。
インデックス付け
インデックス付けとは、ドキュメントから日付、顧客名、請求書番号などの主要情報（メタデータ）を抽出したり、ドキュメントに割り当てたりするプロセスです。DocuWareでは、これらの情報の取得方法と割り当て方法を細かく調整するためのオプションが複数用意されています。
インデックスフィールド
ドキュメントから読み取られてに入力されるテキストは、編集 
機能を使ってより正確に定義できます。DocuWare バージョン 7.7 以降では、動的なエントリも同じ方法で編集できます。
テキストフィールド
テキストを定義する
抽出されたテキストのうち、インデックス付けに使用する部分範囲を指定します。特定の文字列の後、前、または間にあるテキストだけを使用するかどうかを決定します。たとえばバーコードについて、正確な位置を指定したり、特定のエントリを選択することでフィールド区切り文字を定義したりすることもできます。バーコードに複数行が含まれている場合は、インデックスフィールドに書き込む行のみを選択できます。これにより、請求書の内容をバーコードから完全に取り込み、個々のフィールドに振り分けることができます。テキストを修正する
個々の文字を置き換えて、読み取りエラーを修正できます。たとえば、スキャン時に数字の「1」が誤って大文字の「I」として、または「0」が大文字の「O」として読み取られた場合に、これらのエラーを修正できます。テキストを置換する
指定した領域内で抽出されたテキスト全体を、別のテキストに置き換えることができます。たとえば、ドキュメントから読み取られた「invoice」という用語を、インデックス付けのために「invoice - 出力」に置き換えることができます。置き換える項目の一覧を作成し、すべての値を置き換えるか、リストに記載された値のみを置き換えるかを選択します。
すべての値を置き換える場合：読み取られた値が欠落しているときに、既定値を採用するか、エラーを発生させて処理を中止するかを選択できます。
日付フィールドと数値フィールドの追加オプション
日付フィールドでは、対応する読み取り領域で日付のみ、または日付と時刻がどの形式で記載されているかを追加で指定できます。既定では、コンピューターの地域設定に対応した形式が使用されます。読み取られた日付を正しく解釈するためには、形式を指定することが重要です。
数値フィールドでは、関連する読み取り領域で数値がどの形式で定義されているかを追加で指定できます。既定では、コンピューターの地域設定に対応した数値形式が使用されます。読み取られた数値を正しく解釈できるようにするためには、形式を指定することが重要です。
識別
識別は、保存または印刷するドキュメントの種類に応じてどの構成を使用するかをDocuWareが決定するプロセスです。このステップは、異なるドキュメントの種類、ソース、ワークフローに対して複数のドキュメント処理構成を作成している場合に必要となります。自動選択は「処理 > 識別」で制御します。
スキャン、からのインポート、または印刷の際、ドキュメントを適切な設定で処理するために追加の操作は必要ありません。たとえば、受領請求書の場合、これらのドキュメント専用に作成された構成が常に選択されます。
構成を自動的に選択するには、まず「ソース > 「処理」で定義されたとおりに構成を自動的に選択」で該当する機能を有効にする必要があります。これにより、「処理」のサイドバーに「識別」セクションが表示されるようになります。
DocuWare Printerをソースとして使用する場合、ドキュメントの元となるアプリケーション（MS Wordなど）から適切な構成を識別させることもできます。ただしこのオプションは、サンプルドキュメント をDocuWare Printerで印刷した場合にのみ機能します。これにより、「アプリケーション」に表示される必要なメタデータ（ファイル名など）がサンプルドキュメントに含まれるようになります。
分割
分割は、DocuWare内で1つのドキュメントを複数の独立したドキュメントに分けるプロセスです。この機能は、複数のドキュメントを1つのファイルとしてスキャンまたはインポートしても、各項目を個別に扱う必要がある場合に役立ちます。たとえば、複数の請求書を含む複数ページのファイルを、個々の請求書ドキュメントに分割するときに使用します。
ドキュメントを分割するかどうか、また分割する方法を指定できます。次の3つの基準があります：
固定ページ数で分割
MS Wordなどのアプリケーションから2ページの帳票を頻繁に印刷する場合、2ページごとにドキュメントを分割するよう構成を設定できます。これにより、各帳票はDocuWare上で2ページの独立したドキュメントとして表示されます。テキスト基準で分割
最終ページに取引条件が記載された請求書を頻繁に印刷しているとします。テキスト基準として「Total」を選択すると、ドキュメントは常に請求書の末尾の後、取引条件の開始前で分割されます。これは、取引条件が各請求書の末尾に含まれているためです。バーコードの変更時に分割
独自のバーコードが付いた紙のドキュメントを一括スキャンします。異なる値のバーコードが検出されるたびに、DocuWareが自動的に新しいドキュメントを作成します。
テキスト基準でドキュメントを分割するにはサンプルドキュメントが必要です。サンプルドキュメントがない場合は、ページ数による分割しか行えません。
レターヘッド
ドキュメントにレターヘッドやロゴを追加でき、それらはドキュメント上に表示されます。レターヘッドは1ページ目だけに付けることも、それ以降のすべてのページに付けることもできます。これは、たとえば、ドキュメントの1ページ目にはレターヘッドを、それ以降のページにはロゴだけを配置したい場合に役立ちます。レターヘッドは自動的に上部左寄せで配置されるため、レターヘッドやロゴが大きすぎると、はみ出して切れてしまう場合があります。レターヘッドがページ内の希望する領域を占めるようにするには、対応するPDFをサンプルドキュメントとして用意する必要があります。
画像背景または色背景のドキュメントを印刷するには、「処理 > レターヘッド」で「レターヘッドを常に前面に表示」機能を有効にしてください。そうしないと、レターヘッドが隠れてしまう場合があります。この機能をElectronic Signature機能と併用すると、PDF/Aを作成できません。代わりにPDFが作成されます。
XMLドキュメントおよびXMLを添付として含むPDFは、レターヘッド機能をサポートしていません。